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Los ecosistemas, biomas o ambientes naturales existentes en la cuenca del Mar Caribe se pueden separar en tres categorías el terrestre, el marino o por extensión el acuático y el tercero el existente entre ambos o el intermareal. El terrestre presenta ambientes más diversos que estan dentro de un rango entre desértico y selva nublada, con algunos de ellos localizados en pequeños parches. El marino esta distribuido más homogéneamente dentro de la cuenca aunque no por eso deja de ser diverso en biomas y biodiversidad. En general, el sistema natural de la Cuenca del Caribe se caracteriza por su biodiversidad, en muchos casos con especies endémica o propias de cada lugar.
En la cadena de islas de Margarita, Aruba y Curazao, junto con las tierras bajas continentales de Venezuela y Colombia, al norte de Suramérica, las precipitaciones medias anuales son bajas, los vientos moderados y constantes todo el año (Vientos Alisisos), para estas condiciones los ambientes predominantes son desérticos o semidesérticos. A lo largo de la Cordillera de La Costa de Venezuela, en altitudes superiores a los 1500 msnm la condensación del vapor de las nubes a favorecido el desarrollo de bosques húmedos e incluso hasta selvas nubladas. En la zona intermareal la presencia de los bosques de manglar son frecuentes y bien desarrollados allí donde la orografía a permitido su desarrollo como en el P.N. La Restinga, P.N. Laguna de Tacarigua, P.N. Morrocoy, R.F. Los Olivitos, entre otros. Las playas arenosas son amplias y abundantes en diversidad, por lo que algunas de ellas son muy visitadas por los turistas y vacacionistas. También están presentes las costas rocosas y en particular en las islas los arrecifes de coral.
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Las Antillas Menores presentan hacia el sur un paisaje similar al de Suramérica, con la diferencia que es en una mucho menor escala. En aquellas islas donde el volcán tiene importancia, la evolución de sus erupciones se debe de poder ver marcado en su zona. Hacia el norte se comienzan a ver comunidades más húmedas. Son también ambientes resaltantes de esta zona del Caribe los manglares en bastantes zonas intermareal, y por debajo del agua los arrecifes de coral, tan vistosos como siempre.
En las Antillas Mayores predominan los bosques secos y los bosques húmedos, muchos de ellos con lindos rincones de cuencas con pequeños ríos entre el bosque. El crecimiento poblacional del hombre en todas estas islas desde la época de la conquista española ha transformado en forma importante sus biomas; sin embargo, los biomas marinos como el arrecife de coral, o ínter marinos como las playas y los manglares, están en buena forma. La Isla de Cuba es la zona terrestre mas importante de la sección norte de la Cuenca del Caribe, justo al norte de la zona intertropical.
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Las costas de Centroamérica que existen en el Mar Caribe son un ambiente casi totalmente distinto a todas las demás. En el ambiente marino, los manglares y arrecifes de coral tienen un presencia similar a la de las otras costas del Caribe. En esta seción de la cuenca los ecosistemas terrestres contienen mucha más humedad que en los otros lados. El reciente cierre terrestre entre el Océano Atlántico y Pacífico, además de ser el rincón de las tormentas tropicales del Caribe han permitido el desarrollo de bosques lluviosos y bosque tropical deciduos. La biodiversidad de esta región es legendaria, es por donde se inicio la migración de las especies terrestres, hace 2 millones de años, de norte a sur y de sur a norte, es por donde pasan mas del 50% de las aves migratorias intracontinentales y es donde coexiste el pueblo Mayas con su naturaleza.
El futuro ecológico de esta región es incierto, el canal de Panamá ha abierto una ruta a algunas especies marinas del Pacifico que ya se ve su presencia en el Mar Caribe y se desconoce su impacto futuro. El trafico de barcos y la contaminación humana también están haciendo un impacto negativo que se puede detener o aminorar. El ascenso del nivel del mar tendrá un impacto importante en toda la cuenca del Mar Caribe que se puede convertir en una cuenca casi toda ella acuática.
El manglar, el ecosistema de vidaEl manglar, el ecosistema de vidaE
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